Большую часть игровой карьеры Мустыгин провел в минском «Динамо», за которое сыграл 234 матча и забил 90 мячей. В 1963 году стал бронзовым призером чемпионата Советского Союза.
После окончания игровой карьеры Михаил Мустыгин долгие годы трудился тренером детско-юношеских футбольных школ Минска и воспитал немало известных футболистов. Например, среди них нынешний главный тренер брестского «Динамо» Игорь Криушенко.
